Chúng được tìm thấy bởi nhà thám hiểm, nhà tự nhiên học người Anh là John Whitehead vào năm 1896 tại Bonga, Samar. Những người bản xứ đã miêu tả chúng là loài đại bàng ăn khỉ, vì vậy chúng được đặt tên là Pithecophaga jefferyi (theo tiếng Hy Lạp là ăn khỉ). Sau đó, chúng được công nhận là một phân loài của đại bàng với tên chính thức là Đại bàng Philippine. Năm 1995, chúng là loài chim biểu tượng của Philippines.